ในยุคกำเนิดกระทรวงสาธารณสุขนี้ แบ่งออกเป็น 2 สมัย ดังนี้ คือ

ในรัชสมัยนี้ มีการออกกฎเสนาบดี แบ่งการประกอบโรคศิลปะ เป็นแผนปัจจุบันและแผนโบราณ กำหนดว่า
ก. ประเภทแผนปัจจุบัน คือ ผู้ประกอบโรคศิลปะ โดยความรู้จากตำราอันเป็นหลักวิชาโดยสากลนิยม ซึ่งดำเนินและจำเริญขึ้น อาศัยการศึกษา ตรวจค้น และทดลองของผู้รู้ ในทางวิทยาศาสตร์ทั่วโลก
ข. ประเภทแผนโบราณ คือ ผู้ประกอบโรคศิลปะ โดยอาศัยความสังเกตความชำนาญ อันได้บอกเล่าสืบต่อกันมาเป็นที่ตั้ง หรืออาศัยตำราที่มีมาแต่โบราณ มิได้ดำเนินไปทางวิทยาศาสตร์

พ.ศ. 2469 กรมสาธารณสุขได้อนุมัติให้ปรับปรุง ส่วนบริหารราชการใหม่ แบ่งกิจการออกเป็น 13 กอง คือ กองบัญชาการ กองการเงิน กองที่ปรึกษา กองบรรณาธิการ กองบุราภิบาล กองวิศวกรรม กองสุขภาพ กองโอสถศาลา กองยาเสพติดให้โทษ โรงพยาบาลคนเสียจริต กองส่งเสริมสุขาภิบาล กองแพทย์สุขาภิบาลแห่งพระนคร วชิรพยาบาล

ในปี พ.ศ. 2485 ฯพณฯ นายกรัฐมนตรี จอมพล ป. พิบูลสงคราม มีคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรี แต่งตั้งคณะกรรมการพิจารณาจัดการปรับปรุงทางการแพทย์ โดยมีการประชุมครั้งแรก เมื่อวันที่ 10 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2485 และได้ประชุมอีก 4 ครั้ง รวมเป็น 5 ครั้ง ครั้งหลังเมื่อวันที่ 16 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2485 สามารถเสนอรายงานการจัดตั้ง กระทรวงสาธารณสุข ให้รัฐบาลเสนอต่อรัฐสภา ต่อมาก็ได้ประกาศใช้พระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2485 มีกระทรวงสาธารณสุขขึ้น ตามมาตรา 4 แห่งพระราชบัญญัตินี้ และมาตรา 13 โดยมีข้อความในพระราชกฤษฎีกาในเรื่องเหตุผลที่มาของการสถาปนากระทรวงสาธารณสุข ปรากฎดังนี้

"โดยเหตุที่การสาธารณสุข และการแพทย์ในเวลานี้ ยังกระจัดกระจายอยู่ในกระทรวงและกรมหลายแห่ง งานบางอย่างทำซ้ำและก้าวก่ายกัน และบางอย่างก็ไม่เชื่อม ประสานกันเป็นเหตุให้ต้องเปลืองเจ้าหน้าที่ และค่าใช้จ่าย ไปในทางไม่ประหยัด จึงสมควรปรับปรุงเสียใหม่ เพื่อให้มีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น" ในด้านการแพทย์รัชสมัยนี้ มีการศึกษาวิจัยสมุนไพรเพิ่มขึ้น ในระหว่างปี พ.ศ. 2485 - 2486 ขณะที่สงครามโลกครั้งที่ 2 ลุกลามเข้ามาในเขตเอเซียตะวันออกเฉียงใต้ ทำให้เกิดภาวะขาดแคลนยา ศาสตราจารย์นายแพทย์อวย เกตุสิงห์ ได้ทำวิจัยสมุนไพรที่ใช้รักษาไข้มาลาเรียที่โรงพยาบาลสัตหีบ หลังสงครามโลกสงบลง ยังคงมีปัญหาขาดแคลนยาแผนปัจจุบันรัฐบาลจึงมี นโยบายให้โรงงานเภสัชกรรม กระทรวงสาธารณสุขนำสมุนไพรมาผลิตเป็นยารักษาโรคเป็นที่ทราบกันโดยทั่วไปในนักวิชาการสาธารณสุข แพทย์และประชาชนคนไทยว่า สมเด็จพระมหิตลาธิเบศร อดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนก ได้ทรงอุทิศพระองค์ ทรงมีพระเมตตาปราณีต่อพสกนิกรของพระองค์ ทรงพระตระหนัก เป็นอย่างยิ่งว่า สุขภาพของคนไทยเป็นเรื่องสำคัญและต้องการได้รับการแก้ไข ทรงเล็งเห็นปัญหาสาธารณสุขของประเทศไทยเป็นอย่างดี และทรงมีพระราชหฤทัยอย่างแน่วแน่ที่จะดำเนินการแก้ปัญหาเหล่านั้น จะเห็นได้จากพระราชหัตถเลขาของพระองค์ที่มีไปถึงกรมพระยาชัยนาทนเรนทร ความตอนหนึ่งว่า "หม่อมฉันรู้สึกอยู่เสมอว่า การสาธารณสุขนั้นเป็นของสำคัญ เป็นสิ่งบำรุงกำลังของชาติไทย เป็นสาธารณสุขประโยชน์กับมนุษยชาติทั่วไป เพราะฉะนั้นเมื่อมีโอกาสอันใดที่หม่อมฉันพอที่จะช่วยออกกำลังกาย ปัญญา หรือทรัพย์ อันเป็นทางที่จะทะนุบำรุงให้การนั้นเจริญขึ้นแล้ว หม่อมฉันยินดีปฏิบัติได้เสมอ"

สมเด็จพระมหิตลาธิเบศร อดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนก ทรงเป็นพระราชโอรสองค์ที่ 69 ในพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาจุฬาลงกรณ์ พระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว และองค์ที่ 7 ในสมเด็จพระนางเจ้าสว่างวัฒนา พระบรมราชเทวี (สมเด็จพระศรีสวรินทิรา บรมราชเทวี พระพันวสาอัยยิกาเจ้า) ทรงมีพระเชษฐาและพระเชษฐภคินี ร่วมพระมารดารวม 7 พระองค์สมเด็จพระบรมราชชนก ทรงพระราชสมภพในวันศุกร์ เดือนยี่ ปีเถาะ ขึ้น 3 ค่ำ ซึ่งตรงกับวันที่ 1 มกราคม พุทธศักราช 2434 ณ พระตำหนักสมเด็จพระนางเจ้าสว่างวัฒนา พระบรมราชเทวี ในพระบรมมหาราชวัง พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงโปรดเกล้าฯ พระราชทาน นามว่า "สมเด็จพระเจ้าลูกยาเธอเจ้าฟ้าชาย มหิดลอดุลยเดช นเรศวรมหาราชาธิบดินทร์ จุฬาลงกรณนรินทร์วรางกูร สมบูรณ์เบญจพรสิริสวัสดิ์ ขัตติยวโรภโตสุชาต คุณ สังกาศเกียรติประกฤษฐ ลักษณวิจิตรพิสิษฐบุรุษย ชนุตมรัตน์พัฒนศักดิ์ อัครวรราชกุมาร" ทรงบรรพชาสามเณร เมื่อวันที่ 20 สิงหาคม ถึงวันที่ 13 ธันวาคม พ.ศ. 2447 และทรงผนวชวันที่ 21 สิงหาคม รัตนโกสินทรศก 123 ภายหลังทรงลาผนวชแล้ว พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้เสด็จไปศึกษา ณ ประเทศอังกฤษ ทรงเข้าเรียนที่โรงเรียน แฮโรว์ ในปี พ.ศ. 2448 เพื่อทรงศึกษาวิชาเบื้องต้นในปี พ.ศ. 2450 สมเด็จฯ พระบรมราชชนก ได้เสด็จพระราชดำเนินไปยังประเทศเยอรมนี เพื่อทรงศึกษาที่ โรงเรียนเตรียมนายร้อย เมืองปอตสดัม เป็นเวลา 1 ปีระหว่างที่ทรงศึกษาอยู่ที่โรงเรียนนายร้อยชั้นต้น ประเทศเยอรมนี แพทย์ที่เยอรมันได้ทำการรักษาพระอาการประชวรด้วยโรคกระดูกสันหลังคด ตั้งแต่ทรงพระเยาว์ จะมีพระอาการเป็นปกติหลังจากนั้นแล้วทรงศึกษาด้านการทหาร ณ โรงเรียน นายร้อยทหารบก Royal Prussian Military College, Gross Lichterfelde ใกล้กรุงเบอร์ลิน ภายหลังที่ทรงสำเร็จจากโรงเรียนนายร้อยทหารบกแล้ว พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ทรงศึกษาด้านทหารเรือ ณ Imperial German Naval College เมืองเฟลนสบูร์ก ตอนเหนือ ของประเทศเยอรมนี ระหว่างปี พ.ศ. 2454 - 2457 เมื่อเกิดสงครามโลกครั้งที่ 1 เนื่องจากรัฐบาลสยามในพระบาทสมเด็จฯ พระบรมราชชนก ต้องเสด็จกลับประเทศสยาม และทรงเข้ารับราชการในกระทรวงทหารเรือในระยะเวลาที่ทรงรับราชการกองทัพเรือนั้น ทรงทุ่มเทพระสติปัญญาในการพัฒนากองทัพเรือ ทรงบันทึก โครงการสร้างกองเรือรบ ทรงเสนอความคิดเห็นเกี่ยวกับการจัดหาเรือตอร์ปิโดรักษาฝั่งสำหรับป้องกันน่านน้ำไทย และข้อเสนอแนะเกี่ยวกับเรือดำน้ำ รวมทั้งปัญหาด้านโภชนาการ สำหรับการปฏิบัติงานในเรือดำน้ำ แต่กลับทรงพบอุปสรรคหลายประการในการวางโครงการใหม่ ๆ ให้กับกองทัพเรือ จึงทรงลาออกจากราชการทหารเรือในช่วงท้ายเวลาที่ทรงปฏิบัติราชการกองทัพเรือและมีพระดำริที่จะลาออกนั้น พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยาชัยนาทนเรนทร ผู้บัญชาการโรงเรียนราชแพทยาลัย (คณะแพทยศาสตร์ ศิริราชพยาบาลปัจจุบัน) ได้เสด็จไปเฝ้าเพื่อเชิญเสด็จประพาสเรือยนต์ไปตามคลองต่าง ๆ ได้รับสั่งให้เรือแวะที่สะพานท่าน้ำโรงพยาบาลศิริราช และทูลเชิญเสด็จฯพระบรมราชชนกทอดพระเนตรโรงพยาบาล และทรงพบเห็นสภาพผู้ป่วยไม่มีที่พักคนไข้นอนเรียงกันอยู่ อย่างแออัดเมื่อสมเด็จฯพระบรมราชชนกทรงเห็นถึงความจำเป็นของบ้านเมืองในขณะนั้น และทรงเห็นว่าการศึกษาเพิ่มเติมเกี่ยวกับด้านการแพทย์และสาธารณสุขจะทำให้ทรงช่วยเหลือกิจการด้านนี้ในประเทศเป็นไปได้ดียิ่งขึ้น สมเด็จฯพระบรมราชชนก เสด็จออกไปยังมหาวิทยาลัยเอดินเบอระ สกอตแลนด์ เพื่อทรงศึกษาด้านการแพทย์ แต่เนื่องจากสภาพอากาศในสกอตแลนด์เป็นอุปสรรคต่อพระอนามัย จึงเสด็จไปที่สหรัฐอเมริกา พ.ศ. 2475 พระองค์เสด็จไปศึกษาวิชาการสาธารณสุข และวิชาการแพทย์ ณ มหาวิทยาลัยฮาร์วาร์ด ประเทศสหรัฐอเมริกาทรงสอบได้ประกาศนียบัตรการสาธารณสุขและปริญญาแพทยศาสตรบัณฑิต ชั้น Cum Lande พระองค์เป็นผู้ทรงบำเพ็ญประโยชน์ต่อวงการแพทย์ การสาธารณสุข การพยาบาล การเภสัชกรรม ทันตศึกษา การประมง และการศึกษาของประเทศ เป็นคุณูปการ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในด้านการแพทย์ พระราชกรณียกิจของพระองค์ มีดังนี้