ยุควางรากฐานและฟื้นฟูการสาธารณสุขสู่ยุคปัจจุบัน

พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ได้ทรงปฏิสังขรณ์วัดโพธารามหรือวัดโพธิ์ขึ้นเป็นพระอารามหลวงให้ชื่อว่า วัดพระเชตุพนวิมลมังคลาราม ทรงให้รวบรวมและจารึกตำรายา และฤาษีดัดตนไว้ตามศาลาราย สำหรับการจัดหายาของราชการมีการจัดตั้งกรมหมอโรงพระโอสถ คล้ายกับในสมัยอยุธยา ผู้ที่รับราชการ เรียกว่า หมอหลวง ส่วนหมอที่รักษาประชาชนทั่วไป เรียกว่า หมอราษฎร หรือหมอเชลยศํกดิ์

พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย ทรงให้รวบรวมคัมภีร์แพทย์ที่กระจัดกระจายไว้ ณ โรงพระโอสถ โดยโปรดเกล้าฯ เชิญผู้ชำนาญโรค และสรรพคุณยาชนิดต่าง ๆ มารวมไว้ ผู้ใดมีตำรายาดี ๆ ที่บรรพบุรุษได้เก็บไว้ ให้นำเข้ามาทูลเกล้าฯ ถวาย และกรมหมอหลวงคัดเลือกจดเป็นตำราหลวง สำหรับโรงพระโอสถ เพื่อประโยชน์ของประชาชน

พ.ศ. 2359 มีพระราชโองการโปรดเกล้าให้ตรากฎหมาย ชื่อ กฎหมายพนักงานพระโอสถถวาย ซึ่งให้อำนาจพนักงานมีอำนาจออกไปค้นหาพระโอสถ คือ สมุนไพร ที่ปรากฎมีอยู่ในแผ่นดิน ผู้ใดจะคัดค้านมิได้ พนักงานพระโอสถจึงมีอำนาจในการค้นหายา และมักจะเป็นผู้ที่อยู่ในตระกูลสืบทอดกันมาเท่านั้น

พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ทรงบูรณะปฏิสังขรณ์วัดราชโอรสาราม และได้จารึกตำราไว้ในแผ่นศิลา ตามเสาระเบียงพระวิหาร รวมทั้งทรงปฏิสังขรณ์วัดพระเชตุพนฯ อีกครั้ง โปรดเกล้าฯ ให้จารึกตำรายาไว้บนแผ่นหินอ่อน ประดับไว้ตามผนังโบสถ์และศาลารายในบริเวณวัด มีตำราบอกสมุฏฐานของโรค และวิธีบำบัด ทรงให้นำสมุนไพรที่ใช้ในการปรุงยา ที่หาได้ยากมาปลูกไว้ เพื่อให้ราษฎรได้ศึกษาและนำไปใช้ในการรักษาตน โดยมิหวงห้ามไว้ในตระกูลใด นับได้ว่าเป็น "มหาวิทยาลัยเปิด" แห่งแรกในประเทศไทยในปี พ.ศ. 2371 ซึ่งเป็นปีที่ 5 ในสมัยรัชกาลที่ 3 กล่าวได้ว่าเป็นปีแรกที่การแพทย์แผนตะวันตกเข้ามามีบทบาทสำคัญต่อการแพทย์และการสาธารณสุข โดยดำเนินการควบคู่กันไป กล่าวคือ ให้การรักษาพยาบาลผู้เจ็บป่วย และทำการป้องกันโรคติดต่อที่ร้ายแรงไปด้วย ในรัชสมัยนี้ นายแพทย์แดน บีซ บรัดเลย์ (Dan Beach Bradley) ชาวบ้านเรียกว่า "หมดบลัดเล" นักเผยแพร่คริสตศาสนาชาวอเมริกันซึ่งมากับคณะมิชชั่นนารีได้เข้ามาเมืองไทยในปี พ.ศ. 2378 เป็นผู้ริเริ่มการป้องกันโรคติดต่อครั้งแรกในประเทศไทย มีการปลูกฝีป้องกันไข้ทรพิษซึ่งได้ผลดี จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2381 ทรงโปรดให้หมอหลวงไปเรียนวิธีปลูกฝีจากหมอบรัดเลย์ เพื่อปลูกให้แก่ข้าราชการและประชาชนพ.ศ. 2387 เกียรติคุณของผู้เผยแพร่ศาสนา รวมทั้งชื่อเสียงที่หมอบรัดเลย์ทำไว้ แม้จะไม่ทำให้ใคร ๆ นิยมทั่วไป แต่ก็มีบางท่านเป็นผู้เห็นการณ์ไกล ใคร่จะเรียนภาษาและวิชาของฝรั่งเอาไว้ใช้ให้เป็นประโยชน์โดยเฉพาะกรมหลวงวงศาธิราชสนิท (ต้นตระกูลสนิทวงศ์) นี้ เป็นแพทย์ไทยคนแรกที่รับเอายาฝรั่งใช้รักษาโรค โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ยาควินนีนที่เรียกกันในครั้งนั้นว่ายาขาวฝรั่ง เอายาไทยหุ้มเสียก็เป็นยาแก้ไข้จับสั่นที่มีชื่อเสียงมากในปี พ.ศ. 2392 นายแพทย์ซามูเอล เรย์ โนลด์ เฮาส์ (samuel Reynolds House) เป็นหมอของคณะเผยแพร่ศาสนาอเมริกัน ชาวบ้านเรียกว่าหมอเฮาส์ ซึ่งนับว่าเป็นผู้ที่นำยาสลบอีเธอร์มาใช้เป็นครั้งแรกในประเทศไทย